Sistem pengelolaan fungsional dan operasional fakultas mencakup planning, organizing, staffing, leading, controlling, serta operasi internal dan eksternal. Dekan Fakultas Ekonomi dalam menjalankan sistem pengelolaan fungsional dan operasional dilakukan sesuai dengan standar operasional prosedur (SOP) yang didukung oleh dokumen sistem fungsional dan operasional. Fakultas sebagai penyelenggara pendidikan tinggi mempunyai peranan dan tanggung jawab yang besar dalam menghasilkan sumberdaya manusia yang berkualitas, mempunyai kapabilitas tinggi untuk menjadi pemimpin masa depan serta mampu menjadi motor penggerak (driving force) pertumbuhan diberbagai sektor pendidikan. Oleh karena itu, salah satu rencana strategis Fakultas Ekonomi untuk meningkatkan mutu pengelolaan pendidikan tinggi adalah dengan melakukan suatu terobosan baru melalui perubahan paradigma.
Dalam menjalankan paradigma baru tersebut ditransformasikan kedalam beberapa fungsi manajemen untuk menjalankan sistim tata kelola perguruan tinggi yang baik atau sistem pengelolaan fungsional dan operasional yang meliputi : fungsi perencanaan (planning), pengorganisasian (orginizing), pengembangan staf (staffing), kepemimpinan (leading) dan pengawasan/pengendalian (controlling).
Melalui fungsi ini pimpinan fakultas pada setiap awal tahun akademik merencanakan berbagai program pengembangan yang disebut sebagai Rencana Mutu. Rencana mutu tersebut berfungsi sebagai road-map bagi setiap fungsi dalamfakultas yang secara operasional berisi berbagai dimensi program pengembangan mutu yang harus direalisasikan/dicapai dalam satu periode. Pada setiap butir rencana pengembangan, ketercapaiannya diukur dengan menggunakan indikator-indikator kinerja. Dengan demikian, secara operasional, pengembangan fakultas menjadi lebih terarah dan terukur.
Melalui fungsi ini maka setiap elemen dalam organisasi tingkat fakultas mempunyai tugas dan tanggungjawab dalam upaya merealisasikan butir-buitr program pengembangan. Untuk memastikan setiap bidang penugasan dapat menjalankan tugasnya dengan baik maka telah tersedia job-description untuk setiap bidang.
Dilakukan dalam rangka peningkatan kualitas dosen dan tenaga kependidikan, dilakukan pengiriman tenaga dosen untuk melanjutkan pendidikan yang lebih tinggi. Selain itu dosen–dosen dan tenaga kependidikan juga dilibatkan dalam berbagai pertemuan ilmiah, seminar, workshop dan pelatihan baik yang dilakukan oleh pihak eksternal maupun pihak internal kampus antara lain: Seminar Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi, Seminar Pembuatan Rencana Strategis Perguruan Tinggi, Seminar Metode Pembelajaran, Seminar softskill dan seminar workshop serta pelatihan di bidang teknologi informasi.
Dekan sebagai penanggungjawab utama pada Fakultas Ekonomi, disamping melaksanakan arahan serta kebijakan umum, juga menetapkan peraturan, norma dan tolak ukur penyelenggaraan pendidikan tinggi atas dasar keputusan pertimbangan Senat Fakultas Ekonomi. Kepemimpinan Dekan dilakukan dalam tiga pola, yaitu : kepemimpinan operasional berorientasi pada tercapainya visi, misi dan tujuan Fakultas. Kepemimpinan organisasi berorientasi pada pengkoordinasian unit-unit yang ada di bawahnya seperti, biro, Lembaga Penelitian, Pusat Pengabdian Masyarakat, Perpustakaan dan Unit Penjaminan Mutu Fakultas.Sedangkan kepemimpinan publik berorientasi pada peningkatan kerjasama dan kemitraan.
Dekan memonitor atau mengawasi seluruh pelaksanaan program kerja yang telah disepakati bersama pada setiap biro, unit kerja, fakultas sampai program studi. Pada setiap akhir tahun akademik akan dilakukan proses audit mutu internal terhadap rencana mutu untuk mengevaluasi ketercapaian indikator kinerja. Evaluasi indikator kinerja ini meliputi kinerja akademik, kinerja layanan adminstrasi dan anggaran serta kinerja program kemahasiswaan. Indikator kinerja yang belum tercapai akan menjadi prioritas program pengembangan pada periode berikutnya.